V-VII века – эпоха великого переселения народов. Орды гуннов, тюркотов, болгар кочевали в закубанских степях, к северу от Анапы. С X по XII век значительно усилилось племя зихов и касогов – предков адыгов. Свои жилища как простые, так и знатные адыги делали из соломы, камыша и дерева, демонстрируя бесстрашие и готовность к бою. Однако разрушительное Татаро-монгольское нашествие настигло и их.

В XIII веке на месте античной Горгиппии генуэзские купцы построили мощную крепость, известную в средние века как Мапа. В факторию поставляли металл для изготовления оружия, золото, жемчуг, янтарь, дорогие ткани – шелк и парчу, заморские специи – перец, имбирь и шафран. Из Мапы по-прежнему, как когда-то из Горгиппии, вывозили пшеницу, рыбу, икру, ценные меха. Но наибольший доход стала приносить работорговля. В неволю продавались греки, татары, кавказцы, русские и болгары. Иногда генуэзцы устраивали облавы и на местных крестьян.

В 1475 году Maпy захватил турецкий султан. Крепость получила название Анапа (в переводе с турецкого – “край стола” – по форме мыса, на котором был основан город). Местное население крайне враждебно относилось к новым хозяевам Мапы: в каждом ауле и селе турки брали в плен по 50-100 самых красивых девушек, разоряли черкесские земли.

Долгое время Анапа оставалась для Турции лишь поставщиком рабов. И лишь к концу XVIII века, после того как в 1774-1783 годах Россия отвоевала у нее Крым и Правобережную Кубань, Порта занялась серьезным укреплением крепости Анапа. Большинство черкесов, освобожденных от налогов, встало на сторону турков и приняло ислам. С 1788 по 1828 год Россия упорно стремилась занять неприступную крепость. Декабрист А. А. Бестужев-Марлинский называл Анапу “оружейницей горских разбойников… базаром, на котором продавались слезы и пот, и кровь христианских невольников”. И только в 1828 году четырехтысячный турецкий гарнизон сдался русским войскам. Адрианопольский мирный договор закрепил вхождение Анапы в состав Российской империи.